De hierbovengenoemde doelstellingen van het EU-milieubeleid zoals deze zijn neergelegd in de artikel 191 VwEU zijn dermate breed en ruim gedefinieerd dat zij welhaast algehele wettelijke bevoegdheid aan de Unie lijken te verschaffen om op alle gebieden van milieubeleid te handelen. Het Verdrag maakt echter ook duidelijk dat deze bevoegdheid niet exclusief is, maar wordt gedeeld met de lidstaten. De reikwijdte van het ingrijpen van de EU wordt beperkt door twee belangrijke factoren.
Daarbij gaat het in de eerste plaats om het beginsel van ‘subsidiariteit’, krachtens hetwelk de Unie op de gebieden die niet onder haar exclusieve bevoegdheid vallen slechts optreedt indien en voor zover de doelstellingen van het overwogen optreden niet voldoende door de lidstaten op centraal, regionaal of lokaal niveau kunnen worden verwezenlijkt, maar vanwege de omvang of de gevolgen van het overwogen optreden beter door de Unie kunnen worden bereikt. Voor subsidiariteit geldt dus zowel een negatief als een positief criterium, van respectievelijk noodzakelijkheid en effectiviteit. Het principe van subsidiariteit werd als specifiek milieubeginsel aan het verdrag toegevoegd bij de Europese Akte in 1987, maar kreeg al spoedig daarna algemene rechtskracht bij het Verdrag van Maastricht tot oprichting van de EU in 1992. Zodoende heeft subsidiariteit zich van een uitgangspunt voor milieubeleid ontwikkeld tot een algemeen beginsel van Europees recht, en is verplaatst van de milieutitel naar de algemene beginselbepalingen van het EU verdrag (thans artikel 5, lid 3, VEU). Om het subsidiariteitsbeginsel van artikel 5 VEU handen en voeten te geven zijn door de Commissie en de lidstaten in de loop der jaren procedures in het leven geroepen om te toetsen of wetgevingsvoorstellen in overeenstemming zijn met het subsidiariteitsbeginsel. Bij het Verdrag van Lissabon, inwerkinggetreden in december 2009, is door de verdragssluitende partijen een Protocol (Nr. 2) betreffende de toepassing van de beginselen van subsidiariteit en evenredigheid toegevoegd. Krachtens de tweede alinea van artikel 5, lid 3, VEU zien de nationale parlementen aan de hand van dit Protocol toe op de eerbiediging van het subsidiariteitsbeginsel. Daarnaast rust op de EU-wetgever raadplegings- en motiveringsverplichtingen in het kader van subsidiariteitsbepaling. Naast het subsidiariteitsvereiste geldt vervolgens ook het evenredigheidsbeginsel, wat voorschrift dat het EU-optreden niet verder gaat dan noodzakelijk is, en dat het gekozen middel geschikt en afgewogen is in het licht van het nagestreefde doel (artikel 5, lid 4 VEU). Ook op de uitvoering van dit beginsel is bovengenoemde Protocol Nr. 2 van toepassing.De uitvoering van deze beginselen heeft overigens ook mede een rol gespeeld in de opkomst van ‘kaderrichtlijnen’ als instrument voor (milieu)wetgeving, waarbij lidstaten binnen een gemeenschappelijk EU-kader aanzienlijke speelruimte hebben bij de implementatie en uitvoering, zodat aan de beide vereisten van subsidiariteit voldaan kan worden.
De tweede factor die de reikwijdte van het EU-milieubeleid beperkt, althans lange tijd beperkt heeft, betreft het vereiste van unanieme steun van de lidstaten, in plaats van stemming bij gekwalificeerde meerderheid, voor Gemeenschappelijke actie op de meer gevoelige beleidsterreinen. Voorbeelden daarvan zijn ‘groene’ fiscale heffingen, stedelijke en plattelandsplanning, kwantitatief waterbeheer, en bepaalde aspecten van energie- en transportbeleid. Zoals hierboven beschreven in §??? hebben de verschillende verdragswijzingen, en met name de meest recente (Lissabon), in deze besluitvormingsprocedures enige flexibilisering aangebracht, maar uitzondering blijven bestaan voor beleidsterreinen die gevoelig liggen voor nationale autonomie. Toch wordt in toenemende mate overeenstemming bereikt over gemeenschappelijk beleid op deze terreinen, zoals bijvoorbeeld ‘groene’ fiscale instrumenten (zie § ???), kwantitatief waterbeheer in de Kaderrichtlijn water (zie § ???) en de Richtlijn overstromingsrisico’s (zie § ???), strafrechtelijke sanctionering van milieuovertredingen, en de toevoeging van een specifieke energietitel XXI in het VwEU verdrag.
Het gevolg van het een en ander is dat de Europese milieuregelgeving tot op heden relatief veelomvattend is op het gebied van water- en luchtverontreiniging en afvalbeheer, maar weinig onderdelen bevat die zijn gericht op ruimtelijke planvorming of het beheer van verkeer- en vervoerstromen. Interventies van de Unie op de laatstgenoemde terreinen hebben minder vaak de vorm van voorschriften, maar betreffen bijvoorbeeld richtsnoeren (‘guidance’) of financiële ondersteuning voor de uitwisseling van goede praktijken (zie § ???).