De gewone wetgevingsprocedure is beschreven in artikel 294 VwEU en behelst de vroegere procedure van medebeslissing (ook wel co-decisie genoemd) tussen Raad en Europees Parlement (voorheen artikel 251 EG). De modaliteit van medebeslissing, waarbij Raad en Parlement op (meer) gelijke voet staan als mede-wetgevers, werd voor het eerst ingevoerd bij het Verdrag van Maastricht in 1992, en het gebied van toepassing werd bij het Verdrag van Amsterdam in 1998 aanzienlijk uitgebreid. Sinds het Verdrag van Lissabon in 1999 in werking is getreden geldt medebeslissing dus als standaard, en is voortaan als de ‘gewone wetgevingsprocedure’ van toepassing op nog meer beleidsterreinen (meer dan 80), waaronder enkele met aanzienlijke milieu-relevantie zoals onderdelen van het Gemeenschappelijk visserij- en landbouwbeleid, moviliteit/vervoer, energie, en externe handelsbeleid.

De gewone wetgevingsprocedure is een uitgebreid proces bestaande uit drie fases, officieel bekend als drie ‘lezingen’. Vanwege de complexiteit van de procedure heeft de Commissie op haar website een uitgebreide ‘stap-voor-stap’ handleiding van het proces beschikbaar gesteld, echter slechts in Engelse en Franse taalversies.^[27]

De gewone wetgevingsprocedure vangt aan met het beleidsvoorstel van de Commissie. In eerste lezing buigt het Parlement zich over dit voorstel, en keurt het hetzij goed, ofwel past het aan door middel van amendementen (hetgeen in de praktijk vrijwel standaard het geval is). Vervolgens wordt het EP standpunt in eerste lezing (d.w.z. het al dan niet aangepaste Commissievoorstel) naar de Raad gezonden, die dit op zijn beurt kan goedkeuren, dan wel afkeuren of in een ‘gemeenschappelijk standpunt’ eigen wijzigingen kan aanbrengen. In het eerste geval is de maatregel (Verordening, Richtlijn, etc.) in deze fase al vastgesteld,^[28] terwijl in de laatste gevallen van wijzigingen of afwijzing een tweede lezing wordt ingezet. De Commissie mag in deze fase met een herzien voorstel komen waarbij rekening is gehouden met de gezichtspunten van de Raad en het Parlement. In de tweede lezing kan het Parlement vier dingen doen, na stemming bij meerderheid van zijn leden. Als het EP zich niet uitspreekt binnen drie maanden,^[29] wordt het aangenomen (stilzwijgende instemming). Als het EP het voorstel met alle aanpassingen (van de Raad en eventueel de Commissie) goedkeurt wordt het voorstel ook aangenomen, en de maatregel vastgesteld. Als het EP het aangepaste voorstel in geheel verwerpt, komt de procedure tot een einde zonder dat de maatregel wordt vastgesteld. Tenslotte kan het EP ook het voorstel opnieuw aanpassen, hetzij voortbouwend op de wijzigingen van de Raad, dan wel met eigen nieuwe wijzigingen, of door het opnieuw inbrengen van eerder afgewezen eigen amendementen uit eerste lezing. De Commissie kan vervolgens opnieuw advies uitbrengen over deze aanpassingen, alvorens de Raad zich er in tweede lezing over buigt. In deze fase kan de Raad hetzij instemmen met alle onderdelen van het door het EP aangepaste voorstel, waardoor de maatregel wordt vastgesteld; dan wel het EP standpunt (gedeeltelijk) afwijzen. In beide gevallen beslist de Raad bij gekwalificeerde meerderheid van stemmen, behalve voor die amendementen waarover de Commissie een negatief advies heeft uitgebracht – daarover spreekt de Raad zich uit bij eenparigheid van stemmen (unanimiteit). Stemt de Raad niet (geheel) in met het standpunt van het EP over het voorstel, dan begint een derde lezing. Deze fase behelst een bemiddelingsprocedure, waarbij vertegenwoordigers van de Raad en het EP bijeenkomen in een bemiddelingscomité om, in met medewerking van de Commissie, te onderhandelen over een compromis tussen beide standpunten. Dit compromis moet vervolgens nog worden goedgekeurd door zowel de Raad (bij gekwalificeerde meerderheid) als het Parlement (bij enkelvoudige meerderheid). Deze verzoeningspoging moet slagen binnen zes weken (maximaal verlengbaar met twee weken, op iniatief van EP of Raad), anders wordt het voorstel verworpen en kan de maatregel niet vastgesteld worden.

Uit het voorafgaande blijkt genoegzaam dat de ‘gewone wetgevingsprocedure’ een gecompliceerd en tijdrovend proces kan vormen, dat voor zijn succes sterk afhankelijk is van de mate van samenwerking tussen de Commissie, het Parlement en de Raad. De steeds verder uitgebreide toepassing van deze medebeslissingsmodaliteit heeft ertoe geleid dat de invloed van Europarlementariërs tijdens de vroege stadia van de ontwikkeling van wetgeving behoorlijk is toegenomen.

Uit een evaluatie van de medebeslissingsprocedure over de periode 1999-2006, uitgevoerd door de Commissie, blijkt dat van de 564 in die periode aangenomen rechtshandelingen, zo’n 38% werd vastgesteld in eerste lezing, 44% in tweede lezing, en 17 na bemiddeling in derde lezing.^[30] Uit deze cijfers blijkt ook de belangwekkende rol van de verantwoordelijke commissies van het Europees Parlement, het Coreper en de betrokken werkgroepen van de Raad, die door uitgebreide voorbereidingen en onderhandelingen de slagingskans van voorstellen in eerste lezing aanzienlijk doen vergroten. Op terreinen waar veel verschillen van mening en belangen bestaan, zoals ook bij veel deelgebieden van milieubeleid, blijft echter vaak de noodzaak voor meerdere lezingen.

In enkele gevallen voorziet het VwEU in bijzondere wetgevingsprocedures, waarvoor geen algemeen geldende procedure bestaan zoals onder artikel 294 VwEU, maar specifieke voorschriften zijn opgenomen in de individuele bepalingen die naar deze bijzondere procedure verwijzen. Hieronder vallen onder meer de vroegere raadplegings-, instemmings-, en samenwerkingsprocedures. In de meeste gevallen gaat het in de bijzondere wetgevingsprocedures om een primaire wetgevende rol voor de Raad, die na raadpleging van het Parlement de rechtshandeling kan vaststellen. Hierbij is dus slechts één lezing van een voorstel van de Commissie in het Parlement is vereist, en rust er op de Raad geen wettelijke verplichting om eventuele EP amendementen over te nemen. Hoewel deze raadplegingsprocedure inmiddels tot de uitzonderingen behoort, zijn grote delen van het in dit Handboek besproken materiële milieubeleid in het verleden via deze besluitvormingsprocedure vastgesteld. Nog altijd is deze (bijzondere) procedure van toepassing op vijf categorieën milieumaatregelen, namelijk fiscale maatregelen, stads- en plattelandsplanning, en landgebruik (met uitzondering van afvalbeheer en maatregelen van algemene aard), het beheer van waterbronnen, en maatregelen die een aanzienlijke invloed hebben op de structuur van de energievoorziening van de lidstaten (artikel 192, lid 2 VwEU). De besluiten op deze terreinen worden met eenparigheid van stemmen (unanimiteit) genomen.

In drie fasen van de regelgeving plegen lidstaten en de Commissie overleg. In de voorbereidingsfase heeft dat de vorm van een expertcomité. In de besluitvormingsfase heeft dat de vorm van Coreper en Raadswerkgroep. In de uitvoeringsfase heeft dat de vorm van een implementatiecomité. Tijdens de bijeenkomsten kan de eerste en laatste fase nogal eens door elkaar lopen. Deze paragraaf bespreekt de laatste fase.

Na de formele aanvaarding van een stuk (milieu)wetgeving blijven er vaak verschillende praktische onderwerpen over waarover nog moet worden besloten, zoals meetmethoden, rapportage-verplichtingen, technische specificaties etcetera. Het komt voor dat de Commissie in dergelijke gevallen besluiten (in de vorm van een Besluit van de Commissie) neemt met de assistentie van comités waarin is voorzien in de oorspronkelijke wetgeving. De comités staan de Commissie derhalve bij in de uitoefening van haar gedelegeerde en bestuurlijke uitvoeringstaken. Dergelijke comités zijn samengesteld uit ambtelijke vertegenwoordigers van de lidstaten met technische expertise op het specifiek deelgebied van het comité, en vaak beleidsmedewerkers en/of themadeskundigen. Het voorzitterschap wordt uitgevoerd door een vertegenwoordiger van de Commissie, maar deze neemt niet deel aan de stemming.

Deze procedure heet officieel de comité-procedure, maar wordt doorgaans aangeduid met de term ‘comitologie’. Het complexe en technische proces van comitologie krijgt een steeds grotere en belangrijker rol in de EU-besluitvorming en voor uitvoeringshandelingen. Dit heeft deels te maken met het technischer en gedetailleerder worden van bepaalde voorschriften en normen, maar ook met de toenemende trend van kaderwetgeving, waarbij beleidsonderdelen waarover in de medebeslissingsprocedure voor de hoofdwetgeving geen inter-institutionele overeenstemming bereikt kon worden, later als uitvoeringshandelingen door de Commissie middels comitologie vastgesteld dienen te worden. Juist ook voor het milieubeleid neemt het gebruik van comitologie toe, omdat in toenemende mate vaak technische uitvoeringshandelingen vereist zijn voor milieuwetgeving in Richtlijnen en Verordeningen. Een bijzondere rol is weggelegd voor comitologie in het EU beleid voor biotechnologie en genetisch gemodificeerde organismen (GGO’s), zie met name § ??? en § ???. Hoewel op de meeste beleidsterreinen comitologie vrij effectief lijkt te werken, is het in de context van GGO’s als gevolg van hevige politisering uiterst ineffectief en omstreden geraakt. In vrijwel geen enkel geval slagen de comités voor markt-toelatingen en andere GGO-beleidsmaatregelen erin bij gekwalificeerde meerderheid te besluiten, en ook in de Raad staken vrijwel structureel de stemmen, waardoor de Commissie eenzijdig de zelf voorgestelde uitvoeringshandeling kan vaststellen.

Het Verdrag van Lissabon heeft twee nieuwe twee vormen van ‘niet-wetgevings­handelingen’, ofwel bestuurshandelingen, geïntroduceerd, te weten ‘gedelegeerde handelingen’ (artikel 290 VwEU) en ‘uitvoeringshandelingen’ (artikel 291 VwEU). Het Werkingsverdrag maakt hiermee nu een duidelijk onderscheid tussen de aan de Commissie overgedragen bevoegdheden om niet-wetgevingshandelingen van algemene strekking vast te stellen ter aanvulling of wijziging van bepaalde niet-essentiële onderdelen van een wetgevingshandeling (‘gedelegeerde handelingen’), en de aan de Commissie overgedragen bevoegdheden om uitvoeringshandelingen vast te stellen (‘uitvoeringshandelingen’). Deze twee bevoegdheden zijn onderworpen aan totaal verschillende rechtsregels. Voor gedelegeerde bevoegdheden kunnen de Raad en het EP controle uitoefenen middels hun intrekkingsrecht en/of recht van bezwaar. Voor de uitvoeringshandelingen, die in beginsel aan de lidstaten toekomen maar in sommige gevallen in hoofdwetgeving aan de Commissie toebedeeld kunnen worden, dient controle door de lidstaten te geschieden. Krachtens artikel 291 VwEU hebben de Raad en het EP aan de procedures nadere invulling gegeven. In maart 2010 publiceerde de Commissie een voorstel voor herziening van het comitologie-systeem,^[31] als wijziging van de comitologie-regelingen zoals die in 1999^[32] werden vastgesteld en in 2006^[33] herzien. In februari 2011 is het nieuwe comitologie-systeem vastgesteld middels Verordening (EU) nr. 182/2011.^[34] De nieuwe regels gelden sinds 1 maart 2011, en er is voorzien in overgangsbepalingen voor basishandelingen (Verordeningen, Richtlijnen) die al voor de inwerkingtreding van het nieuwe systeem werden vastgesteld. Kortgezegd moeten alle eerdere verwijzingen naar de regelgevend comité-procedure vanaf 1 maart 2011 gelezen worden als verwijzingen naar de Onderzoeksprocedure.

Voorheen bestonden er drie soorten comités: Adviserende, Beherende en Regelgevende Comités. Voortaan zullen er slechts twee soorten comité-procedures bestaan: de Raadplegingsprocedure en de Onderzoeksprocedure. Voor milieubeleid zal voornamelijk de Onderzoeksprocedure van toepassing zijn. In het algemeen geldt dat de Onderzoeksprocedure wordt toegepast voor de vaststelling van handelingen van algemene strekking die tot doel hebben basishandelingen ten uitvoer te leggen en van specifieke uitvoeringshandelingen met ‘potentieel significante gevolgen’. In alle andere gevallen, alsook wanneer zij meer geschikt wordt geacht, wordt de Raadplegingsprocedure gebruikt. De (zwaardere) Onderzoeksprocedure moet er voor zorgen dat uitvoeringshandelingen door de Commissie niet kunnen worden vastgesteld als zij niet stroken met het advies van het comité, tenzij in zeer uitzonderlijke omstandigheden waarin zij voor een beperkte termijn van toepassing kunnen zijn.

De belangrijkste wijziging is wellicht gelegen in de opheffing van de rol van de Raad in het comitologie-proces. Voorheen voorzag de procedure in verwijzing naar de voltallige Raad indien er geen overeenstemming bereikt kon in een Beherend of Regelgevend Comité over een voorstel van de Commissie. Nog altijd wordt in de comités bij gekwalificeerde meerderheid gestemd, hoewel voorzover mogelijk bij consensus gewerkt wordt. Steunt het comité het Commissievoorstel voor een uitvoeringshandeling, dan wordt deze door de Commissie vastgesteld. In de onderzoeksprocedure wordt het voorstel bij gebrek aan gekwalificeerde steun in het comité, niet langer verwezen naar de Raad, maar (binnen 14 dagen) naar het (nieuwe) comité van beroep. Ook dit comité is opgemaakt uit ambtelijke vertegenwoordigers van de lidstaten en wordt voorgezeten door de Commissie, en ook hier wordt (binnen twee maanden) besloten bij gekwalificeerde meerderheid. In sommige gevallen is de Commissie gerechtigd om zelfs bij gebrek aan steun in de comités de uitvoeringshandeling eenzijdig vast te stellen, mits er geen eenvoudige meerderheid tegen bestond, of tenzij dit is uitgesloten in de basishandeling, en met uitzondering van een aantal specifieke beleidsterreinen waaronder de bescherming van de gezondheid of veiligheid van mensen, dieren of planten, en onder meer belastingmaatregelen. Bovendien geldt dat wanneer de Commissie overweegt uitvoeringshandelingen vast te stellen op bijzonder gevoelige terreinen zoals milieubescherming, voedselveiligheid, gezondheid van de consument, en belastingheffing, de Commissie er voor zorg moet dragen te voorkomen dat wordt ingegaan tegen een meerderheidsstandpunt binnen het comité van beroep dat afwijzend staat tegenover de gepastheid van een uitvoeringshandeling. Als voorzitter van het comité dient de Commissie-vertegenwoordiger ernaar te streven oplossingen te vinden die in het comité of het comité van beroep de ruimst mogelijke steun genieten, en uiteen te zetten op welke manier rekening is gehouden met de gevoerde besprekingen en voorgestelde wijzigingen.