Volgens het oorspronkelijke Verdrag van Rome werd alle wetgeving vastgesteld door middel van de raadplegingsprocedure, op basis waarvan slechts één lezing van een voorstel van de Commissie in het Europees Parlement is vereist. Op basis van de raadplegingsprocedure (nu neergelegd in Artikel 175 lid 2 in relatie tot enkele terreinen van milieubeleid) mag de Raad alleen een besluit nemen na raadpleging van het Parlement maar rust er geen wettelijke verplichting op haar om eventuele amendementen over te nemen. De raadplegingsprocedure is van toepassing op vijf categorieën milieumaatregelen, namelijk fiscale maatregelen, stads- en plattelandsplanning, en landgebruik (met uitzondering van afvalbeheer en maatregelen van algemene aard), het beheer van waterbronnen, en maatregelen die een aanzienlijke invloed hebben op de structuur van de energievoorziening van de lidstaten. De besluiten op deze terreinen worden met eenparigheid van stemmen genomen.

Tegenwoordig is de medebeslissingsprocedure voor milieuwetgeving de meest gangbare. Deze procedure is in 1993 geïntroduceerd bij het Verdrag van Maastricht. Haar toepassingsgebied is vervolgens in 1999 flink uitgebreid met het Verdrag van Amsterdam. Op basis van de medebeslissingsprocedure besluit de Raad bij gekwalificeerde meerderheid en hebben de Europarlementariërs uitgebreide bevoegdheden om wetsvoorstellen te wijzigen (amenderen). Tijdens de laatste fase van de beoordeling mag het Parlement een wetsvoorstel nog in zijn geheel verwerpen, ook al is de meerderheid van de lidstaten er een voorstander van. Na de eerste lezing van een voorstel door het Parlement, waarbij het gebruikelijk is dat de Europarlementariërs amendementen indienen, neemt de Raad een ‘gemeenschappelijke positie’ in die de eigen veranderingen van de Raad van het Commissievoorstel bevat. Het Parlement houdt vervolgens een tweede lezing, en de Commissie mag dan met een herzien voorstel komen waarbij rekening is gehouden met de gezichtspunten van de Raad en het Parlement. Als het Parlement niet instemt met de gemeenschappelijke positie van de Raad, komen vertegenwoordigers van de twee instellingen bijeen in een commissie ter verzoening om te onderhandelen over een tussenoplossing, die vervolgens moet worden goedgekeurd door zowel de Raad (bij gekwalificeerde meerderheid) als het Parlement (bij enkelvoudige meerderheid). Indien de gezamenlijke tekst niet wordt geaccepteerd door een van deze twee instellingen is de consequentie dat het voorstel vervalt.

De medebeslissingsprocedure is een gecompliceerde en tijdrovende procedure die voor haar succes afhankelijk is van de mate van samenwerking tussen de Commissie, de verantwoordelijke commissie van het Parlement en de betrokken werkgroepen van de Raad. Haar meer uitgebreide toepassing heeft ertoe geleid dat de invloed van Europarlementariërs tijdens de vroege stadia van de ontwikkeling van wetgeving behoorlijk is toegenomen.

Comitologie

Na de formele aanvaarding van een stuk milieuwetgeving blijven er vaak verschillende praktische onderwerpen over waarover nog moet worden besloten, zoals meetmethoden, rapportage-verplichtingen, technische specificaties etcetera. Het komt voor dat de Commissie in dergelijke gevallen besluiten (in de vorm van een Besluit van de Commissie) neemt met de assistentie van comités waarvoor is voorzien in de oorspronkelijke wetgeving. In principe zijn er drie soorten comités, die ieder worden voorgezeten door de Commssie en zijn samengesteld uit experts van de lidstaten. Deze Adviserende, Beherende en Regelgevende Comités geven de Europese Commissie een zekere mate van controle op het uiteindelijke besluit. Verwijzing naar de voltallige Raad is mogelijk indien er onenigheid is tussen de Commissie en een meerderheid van de vertegenwoordigers van de lidstaten in een Beherend of Regelgevend Comité.